La escuela “San Agustín”, hoy Liceo San Agustín, nació en un contexto regional especial y doloroso. Esto porque el día martes 24 de enero de 1939, siendo las 23.25 horas hubo un gran terremoto en la Ciudad de Chillán. Unos minutos después, la ciudad de Concepción fue sacudida violentamente por un sismo. Las crónicas cuentan que el remezón lento en un comienzo fue creciendo rápidamente hasta alcanzar una violencia tal, que hizo desplomarse las viejas casas de adobe y los más modernos edificios de la aún ciudad colonial.

El terremoto destruyó la Iglesia y el Convento San Agustín de Concepción ubicado en las calles Castellón, San Martín y Cochrane. Para que pudieran albergarse los religiosos de la comunidad mientras se construía la nueva residencia, la Provincia Agustina construyó de inmediato una casa de emergencia en donde vivieron hasta el año 1946, fecha en que se trasladaron al actual convento. Esta construcción se hizo con el producto de la venta de una franja de terreno de la misma manzana, por el lado de la calle San Martín.

Este movimiento sísmico dejó a la ciudad de Concepción sumida en un caos, ruinosa y sin escuelas. Ante esto, el Padre Francisco Ramírez Gatica de la Orden San Agustín decidió fundar una escuela, cuyo primer curso estuvo formado por 15 alumnos, funcionando en una precaria sala contigua, al ya desaparecido convento.

En 1940, la Escuela fue reconocida como cooperadora de la función educacional del Estado y tomó el nombre de escuela «Particular N° 13 San Agustín» y funcionó en Cochrane 951. A partir de ese año, se fueron completando paulatinamente los cursos hasta que en 1944 el curso fundacional llegó a sexto año de la enseñanza preparatoria, como se decía por aquellos años.

A partir del año 1966, el Gobierno del presidente Eduardo Frei Montalva impulsó una Reforma Educacional que estableció la voluntariedad de la educación parvularia, una educación general básica: de carácter obligatorio y gratuita, con una duración de ocho años, con un ciclo de educación general común, dividido en dos ciclos con características propias. El primero de 1° a 4° año de enseñanza globalizada y el segundo de 5° a 8° año dividido por áreas de estudio. También estableció una educación media, con una duración de cuatro años y dos modalidades diferentes: Científico-humanista y Técnico-profesional. Lo anterior, motivó a que la Escuela San Agustín creara a partir de 1966 un séptimo año y en el año siguiente, el octavo.

En 1975, el edificio que albergaba a la Escuela se amplía incorporándose 8 modernas salas de clase, esta vez, con material sólido en un local ubicado en calle Tucapel 217.

Hasta 1976 en el colegio no existía el kínder. Sin embargo, a partir del año siguiente, el rector Padre Clemente Farías Concha, formó el primer kínder, cuyo primer curso contó con una matrícula de 10 niños.

A fines de 1979, se sentaron las bases de la futura enseñanza media. Correspondiendo al Padre Osvaldo Walker Trujillo, en calidad de rector, su implementación.

Como era de esperar, el inicio de la enseñanza media requirió de una mayor infraestructura. Fue así como el pequeño patio techado existente hasta ese momento se transformó en el actual gimnasio, que fue inaugurado el 18 de mayo de 1984, junto a un bloque de cuatro pisos destinado a salas de clases (hoy edificio del ciclo medio).

En 1986, se inauguraron nuevas dependencias. Esta vez, un pabellón destinado a la administración y al Primer Ciclo Básico.

En 1990, el creciente prestigio de la institución y la demanda constante de matrícula, obligaron a la congregación construir nuevas instalaciones destinadas a impartir clases.

En el año 2010, como producto de otro virulento terremoto, el Colegio tuvo que enfrentar algunos problemas de infraestructura que se presentaron a causa de esta catástrofe natural. El desafío fue no solo acoger a sus propios alumnos, sino que también a los del colegio Madres Dominicas, que perdió por completo sus dependencias. De esta forma, la comunidad del Colegio pudo vivenciar los valores de la solidaridad, la comunidad, la fraternidad y el servicio a los demás.